Kurumda, kalite güvencesi sistemi, 2022 yılında hazırlanmış olan kalite yönetimi süreci ile tanımlanmış ve İHÜ İç Kalite Güvence Sistemi modeli oluşturulmuştur. Bu modele göre, planlama, uygulama, kontrol etme ve izleme süreçleri farklı seviyelerde yürütülmektedir. Stratejik plan hazırlama periyodunda paydaş beklenti analizi, SWOT analizi, strateji, hedef, bütçe ve risk belirleme çalışmaları ile planlama faaliyetleri yürütülmekte; stratejik plan ve süreç yönetimi faaliyetlerinin uygulanmasının ardından performans izleme ve memnuniyet anketleri yoluyla izleme ve değerlendirme işlemleri yürütülmektedir. Kalite yönetimi süreci ve iç kalite güvencesi modeli, 2024 yılının Şubat ayında yürürlüğe giren İHÜ Kalite Güvencesi Yönergesi ile güvence altına alınmıştır.